Ο Ιερός Ναός βρίσκεται στο κεντρικότερο σημείο της Πόλης του Ρεθύμνου, κοντά στο Δημοτικό Κήπο, την Μεγάλη Πόρτα (είσοδος Παλιάς Πόλης) και το χώρο της Λαϊκής Αγοράς της Πέμπτης.
Ο νέος τρίκλιτος ναός των Τεσσάρων Νεομαρτύρων Αγγελή, Μανουήλ, Γεωργίου και Νικολάου έχει οικοδο­μηθεί στη θέση παλαιότερων, ανατολικά της ομώνυμης πλατείας και κοντά στον χώρο του μαρτυρίου τους.