Ο ναός βρίσκεται στο οικοδομικό τετράγωνο που περικλείεται από τους δρόμους Αρτέμιδος, Ζαμάνου, Φοίβης και Ερμού.Χαρακτηριστικό είναι το γεγονός, πως εν αντιθέσει με τις περισσότερες εκκλησίες- όπως είναι και η εντυπωσιακή εκκλησία των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης στη Γλυφάδα- ο ναός του Αγίου Νικολάου δεν έχει τρούλο. Ο ρυθμός του ναού ονομάζεται «τρίκλιτος βασιλική» και είναι πραγματικά αυτό που τον κάνει να ξεχωρίζει.